他是大学者顾炎武的弟子，以兄弟二人同修《明史》 闻名于世

潘耒 字次耕，号稼堂，晚自号止止居士，江南吴江人。他是史学家潘柽章之弟，兄弟二人一生致力于明史的撰述工作。潘柽章撰《国史考异》、《明史记》，考证精审；《今乐府》为史诗性著作，保存了大量历史资料。潘耒应诏入明史馆，参与《明史》纂修，提出多项修史建议，堪为后世典范。二人毕生致力于明史研究的学术精神成就了中国文化史上的一段佳话。

潘耒幼年失怙，先后受学于长兄潘柽章、吴炎、王锡阐、徐枋、顾炎武等遗民学者，“于经籍、子史、诗赋、古文词、历算、声音之学，课习讨论，遂无不洞达”。据说他生有异禀，“读书目百行下”。

潘耒为人有至性，笃于风谊。朝廷开博学鸿词科，潘耒入选。但他以母老固辞，但没有被朝廷接受，被授予翰林院检讨的职位，纂修《明史》。

潘耒以＂史才＂鹤立于词科。其求学与成才之路固然受到家学传统之影响，但论及师承关系，潘氏乃集众家史学之长于一身。其师之治学偏重不同，皆对潘氏影响至深。但由于时代变迁，潘氏所处的社会地位发生剧烈变化，导致其史学精神出现了＂变调＂。

在修史方法上，他向总裁官提出八条主张即“搜采欲博，考证欲精；职任欲分，义例欲一；秉笔欲直，持论欲平；岁月欲宽，卷帙欲简”，涉及史料采集、史事考证、分工合作、修纂义例、史家立场、评判原则、修纂期限、史书卷帙等，对于当时《明史》和后来的《清史》修纂都具有一定的指导意义。

在修史过程中，由他单独撰写食货志，兼他纪传。后又充皇帝日讲起居注官，声名大振。此时，他上书“请许台谏官的风闻言事，有能奋击奸回者，不次超擢，以作敢言之气。”但由于是布衣出身，又加上年纪小，傲睨不能容人，因此被众人嫉妒，参劾纷起，被降职。潘耒见势，干脆辞职而去。

在仕途上，潘耒沉浮了几次，对官场生涯兴趣不大，大学士陈廷敬曾再次举荐他，潘耒说：“止止止，吾初志也，吾分也。”并附一首《老马行》以谢，竟不复出。

他在为人处世、为学精神以及史学、金石学、音韵学等方面均得到顾炎武的悉心传授，深受影响，并偕同乃师一道推动了清初学风的改变和学术的发展。但当时的政治环境、学术环境和顾炎武学术本身的特点等因素，导致了顾炎武经世致用之学的衰微。而继承并发扬顾氏学术精神的后来者，非潘耒莫属。也可以说，潘耒作为顾炎武的学生对乃师思想的弘扬方面贡献卓著。

他主持复刊亭林《日知录》诗文集，犹以未及刊《肇域志》为憾。著《遂初堂集》四十卷。

潘来晚年究心《周易》之学，此学虽师承于顾炎武，然其治《易》之路径与模式则殊不同归。潘氏《易》学除讲求修己治身之实用性以外，尚包含世俗教化、伦理规范等“资治”内涵。这种新型《易》学体系的建构于当时有一定的经世致用的指向，也奠定了潘耒在清代《易》学史上的重要地位。

潘耒平生嗜山水，登高赋咏，名流折服。时人评潘耒的诗，“诗笔直达所见，浩然空行，韵语可作古文读，而登览怀古诸作，尤为光焰腾上。”比如现存一首《白雪楼》：“ 百尺高眠四海空，沧溟文坫夙称雄。生平娄水埙篪应，死耐虞山玉石攻。盛世才华容傲睨，达人官爵谢牢笼。清严标格依稀在，华鹊苍寒落水中。”

潘耒于六十二岁时去世。