昆明植物所解析核心十字花科植物的系统发育关系

十字花科（Brassicaceae或Cruciferae）植物约有351属3977种，是一个全球分布的自然类群，包括常见绿叶类蔬菜、油料作物油菜、园艺观赏植物香雪球等。该科有模式植物拟南芥，也是被子植物全基因组序列数据发表最多的科之一，为研究全基因组加倍、环境适应机制、基因功能进化等重要生物学问题提供了机会。十字花科的分类学研究历史悠久，近年来的分子系统学研究重新界定了十字花科族的划分，并由较早系统的19个族逐步扩增至划分为52个族。由于十字花科复杂的进化历史，且已有研究取样代表不足，核心十字花科的主要分支间以及族间的系统发育关系仍存在问题。

中国科学院昆明植物研究所植物多样性与基因组学团队李德铢研究组依托中国西南野生生物种质资源库，选取核心十字花科31族71属199种以及4个未划分至族的属进行全面分析，以该科基部类群岩芥菜族中的三个代表种为外类群，包括222个叶绿体基因组数据以及235个核糖体（nr）DNA（其中106个叶绿体基因组数据以及112个nrDNA数据为该研究中新获取）。在基于nrDNA序列进行的系统发育分析中，将核心十字花科划分为4个分支，即clades a–d（图1）。该研究还基于叶绿体全基因组数据以及蛋白编码基因构建两种矩阵，移除比对存疑的区域或去除替换饱和的基因后，利用贝叶斯法以及最大似然法重建核心十字花科的系统发育关系。该研究支持将核心十字花科划分为三个高支持率的分支：Lineage Ⅰ（LI），Lineage II（LII）和Lineage Ⅲ（LⅢ），其中LⅠ与LⅡ + LⅢ构成姐妹群（图2和3）。该研究将有争议的LⅡ分支解析为单系分支，阐明一些难以解析的深度分支的系统发育关系，确定双盾荠族为该分支最早分化的类群，岩荠族与高河菜族+含生荠族互为姐妹类群（图3）。LⅢ分支与基于nrDNA序列研究划分的clade d分支表现出高度的一致性，两组数据集的分析结果都支持离子芥族、花旗杆族以及鸟头荠族为并系类群。此外，该研究综合比较核质之间的系统发育关系，发现大量的冲突节点，进一步证实十字花科经历复杂的进化历史，为十字花科的起源与进化历史提供研究基础。另一方面，该研究还发现叶绿体编码基因rps16的丢失可能是南芥族和庭芥族的共衍征（图2）。

相关研究成果以Resolving robust phylogenetic relationships of core Brassicaceae using genome skimming data为题，在线发表在Journal of Systematics and Evolution（https://doi.org/10.1111/jse.12666）上。该研究团队刘良敏硕士为论文第一作者，研究员李德铢为论文通讯作者。研究工作得到中科院战略性先导科技专项（B类）的资助，研究工作得到国家重大科技基础设施中国西南野生生物种质资源库采集、保藏、分子生物学实验和分析平台的支持。

图1.核心十字花科基于nrDNA序列构建的贝叶斯树，右侧为得到支持的a-d分支

图2.基于叶绿体77个串联编码基因构建的最大似然法树揭示核心十字花科三大分支

图3.核心十字花科基于叶绿体77个串联编码基因构建的最大似然法树以及其它相关研究对十字花科主要分支划分比较图（族级水平）